众所周知,基因集富集分析的图片不够美观,这么多年的时间依旧没有改进,直接用在文章中显得即臃肿占地,又缺乏美感,因此本文尝试还原文献中对GSEA可视化的方法,并用R语言 ggplot2 包复现。 原图解析 首先,让我们看一下文献中是如何绘制的。 首先我们观察到图片从上到下分为三部分: 第一部分为上方的折线图,该图的数据实际为GSEA中某个基因集的 Enrichment score ; 第二部分为中间…
众所周知,基因集富集分析的图片不够美观,这么多年的时间依旧没有改进,直接用在文章中显得即臃肿占地,又缺乏美感,因此本文尝试还原文献中对GSEA可视化的方法,并用R语言 ggplot2 包复现。 原图解析 首先,让我们看一下文献中是如何绘制的。 首先我们观察到图片从上到下分为三部分: 第一部分为上方的折线图,该图的数据实际为GSEA中某个基因集的 Enrichment score ; 第二部分为中间…
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